Organismele anaerobe sunt total opuse organismelor aerobe, nu folosesc oxigenul diatomic pentru creștere, metabolism și diferențiere, acestea funcționând cu compuși diferiți, oferind o subclasificare dacă respectivele microorganisme funcționează cu un compus chimic numit piruvat Metabolismul este fermentativ (folosesc fermentația), pe de altă parte, este o altă substanță diferită de piruvat, dacă spune că este un organism care practică respirația anaerobă.
Fermentarea constă în obținerea energiei chimice dintr-un proces catabolic și oxidarea neterminată sau incompletă a unui compus organic, în funcție de produsul final poate fi clasificat în fermentație alcoolică, deoarece generează etanol, fermentația lactică produce acid lactic, fermentarea butirică, printre altele; la rândul său, respirațiile anaerobe constau dintr-un lanț de transport pentru electroni de obicei similar cu cel al respirației aerobe, dar în locul acceptorului final este oxigenul, în acest caz ar fi orice compus de natură anorganică.
Așa cum există bacterii aerobe, există și bacterii anaerobe care pot trăi fără oxigen, unele dintre ele se găsesc în interiorul corpului uman în locuri unde nu există prezența oxigenului, cum ar fi în intestinul gros, unde funcționează ca bacterii putrefactive. Materia fecală, în funcție de rezistența sa la oxigen, poate fi clasificată ca: obligă bacteriile anaerobe, acestea nu pot crește în zonele în care există prezența oxigenului, deoarece este dăunătoare și poate provoca anihilarea acestuia, bacteriile aerotolerante nu vor folosi niciodată oxigen pentru procesele lor metabolice. dar poate trăi în medii oxigenate, anaerobe facultativepot folosi oxigenul ca acceptor final de electroni, dar dacă se află în medii în care nu există oxigen, utilizează calea de fermentare.
